超凈臺的位置將由工作流在干凈工作臺內(nèi)部和外部的工作流程以及它與其他操作的接口方式來決定。此外，超凈臺應遠離明顯的風口，以及風速超過每分鐘100英尺（與HEPA過濾器相同的氣流速度）的區(qū)域。如果外部空氣直接吹向超凈臺，則會吹入設(shè)備并污染空間。

HEPA過濾器周圍應有負壓，HEPA過濾器的位置應符合未來的維修需求。應考慮任何可能影響將工作臺帶入空間的物理限制，例如門，走廊和其他設(shè)備。

超凈工作臺可以在潔凈室或其他潔凈空間內(nèi)使用。100,000級（ISO 8）或10,000級（ISO 7）潔凈室可以包括超凈臺以創(chuàng)建100級（ISO 5）甚**10級（ISO 4）區(qū)域。隨著周圍空間的清潔，超凈臺表現(xiàn)更好。HEPA過濾器處理的微粒污染明顯較少，而且環(huán)境污染較小，可能會滲入工作區(qū)域。